Lepsze modele. Szybsze odkrycia. Nowe możliwości dla biologii obliczeniowej. | Wydział Chemiczny Politechniki Gdańskiej

Narodowe Centrum Nauki ogłosiło wyniki konkursu SONATINA 10. Wśród projektów zakwalifikowanych do finansowania, znalazł się projekt dr. Aravinda Selvarama Thirunavukarasu z Wydziału Chemicznego Politechniki Gdańskiej.

Projekt pt. „Predyktywne modele gruboziarniste do modelowania kompleksów białko–DNA” odpowiada na jedno z kluczowych wyzwań współczesnej biologii obliczeniowej – wiarygodne modelowanie oddziaływań pomiędzy białkami i DNA.

Choć procesy te decydują o ekspresji genów, replikacji czy naprawie materiału genetycznego, ich komputerowe odwzorowanie nadal pozostaje niezwykle wymagające obliczeniowo. Celem projektu jest opracowanie nowego modelu, który pozwoli prowadzić tego typu symulacje znacznie szybciej, zachowując jednocześnie wysoką wiarygodność wyników.

Projekt zakłada rozwój otwartoźródłowego zestawu narzędzi, który będzie mógł zostać wykorzystany przez zespoły badawcze zajmujące się m.in. regulacją ekspresji genów, remodelowaniem chromatyny czy dynamiką czynników transkrypcyjnych. To przykład badań podstawowych, które tworzą fundament dla przyszłych odkryć w biologii molekularnej, bioinformatyce oraz medycynie.

Projekt będzie realizowany we współpracy z zespołami rozwijającymi Martini3-Go oraz pole siłowe parmbsc1, a jego rezultaty zostaną udostępnione społeczności naukowej jako otwarte narzędzia badawcze.

Serdecznie gratulujemy dr. Aravindowi Selvaramowi Thirunavukarasu i życzymy powodzenia w realizacji projektu.